Capilla central
Está ubicada al centro del colegio. Se inauguró el año 1964 con su gran mural "Los Tres Primeros Puestos", pintado por Claudio Di Girólamo. A fines de 1978 se colocaron dos grandes cuadros laterales: "Última Cena a la chilena" y "Pentecostés con María, Madre de la iglesia naciente" del mismo autor.

Su objetivo es brindar un lugar privilegiado de culto y de celebración litúrgica de toda la comunidad educativa. Sus actividades principales son la celebración de la Santa Eucaristía dominical, Celebración del sacramento de la reconciliación, iniciación a la vida eucarística y la Confirmación.

La Capilla está ubicada en el centro mismo de la superficie que ocupa el colegio, teniendo una capacidad para 500 personas.

Capilla Champagnat
Está ubicada en el sector Pastoral frente al patio de básica.

Su objetivo es brindar un espacio más íntimo de celebración y culto. Sus actividades principales son la celebración diaria de la Eucaristía abierta a toda la comunidad colegial, eucaristías de cursos, celebraciones de Encuentros con Cristo, etc. Tiene una capacidad de 50 personas aproximadamente.

Capilla Sección Inicial
Está ubicada en el segundo piso de la Sección Inicial "Hno. Gregorio Pastor". Cuenta con una capacidad aproximada para 50 personas.

Otros Lugares de Oración
El Rincón Mariano o Patio Champagnat está ubicado a un costado de la Capilla Champagnat junto al sector pastoral. Su objetivo es brindar un lugar tranquilo de oración y de encuentro. Está adornado con motivos de la vida de Champagnat y de la Buena Madre. Además cuenta con mesas y espacios para sentarse a dialogar. Al lado se encuentra la sala de Encuentros con Cristo y Jornadas.